El Plan Estratégico 2009-2019 de la Universidad del Atlántico es la herramienta gerencial institucional, articulado y coherente con las tendencias nacionales e internacionales de las Instituciones de Educación Superior que establece lineamientos, motores de desarrollo, visiones de futuro, familias de estrategias y estrategias a seguir por la Universidad en el largo plazo.

Las cinco Líneas Estratégicas que orientarán los procesos de planificación y definirán los propósitos institucionales y fundamentales para la generación de ventajas competitivas y comparativas son:
 

• Desarrollo de la ciencia, la tecnología, la innovación y las artes
• Formación humanística y científica de excelencia y pertinencia
• Relaciones universidad y sociedad, vinculación con el entorno
• Bienestar universitario, democracia y convivencia
• Modernización de la gestión universitaria.