Es la unidad académico-administrativa que  considera la investigación como un elemento de su misión, responsable de la definición de políticas para desarrollar, asesorar, apoyar, y gestionar las actividades de fomento de la investigación, extensión y la proyección social.  Está conformada por los Departamentos de Investigación, Extensión y Proyección Social. Así mismo tiene adscrito el Museo de Antropología.

El componente organizativo del Sistema de Investigaciones está constituido por las instancias académico administrativas encargadas de formular y proponer políticas institucionales sobre investigación y desarrollo, y por las  diferentes formas de organización de los investigadores.

Lo constituyen:

• La Vicerrectoría de Investigación, Extensión y Proyección social.
• El Comité Central de Investigación.
• El Departamento de Investigación.
• Los Comités de Investigaciones de las unidades académicas.
• Los Grupos de Investigación.
• Los Laboratorios de Investigación y Desarrollo.